El patrimonio natural de la Mancomunidad del Chocó Andino enfrenta diversas amenazas. En el mapa a continuación se pueden evidenciar varias de ellas. Una primera capa muestra los procesos de deforestación entre 1991 y 2017, respecto a los cambios de uso del suelo. Una segunda capa, señala las microcuencas en las que se han reportado actividades ilegales como tala, caza y pesca. La tercera capa señala las zonas industriales. Y por último, la cuarta capa revela las concesiones mineras con su estado actual.